ส่วนเอกสารอ้างอิง/บรรณานุกรม
ส่วนเอกสารอ้างอิงหรือบรรณานุกรม (References or Bibliography) จะแสดงรายชื่อหนังสือ เอกสาร สิ่งพิมพ์ บุคคล และวัสดุต่างๆ ที่ใช้ในการศึกษา ค้นคว้า วิจัย และที่ได้อ้างถึงในส่วนนำและเนื้อความ เพื่อให้ผู้สนใจสามารถค้นคว้าข้อมูลเหล่านั้นในเชิงลึกต่อไป
วิทยานิพนธ์บางเล่มอาจมี ภาคผนวก (Appendix) เพื่อใช้นำเสนอข้อมูลต่างๆ หรือสิ่งที่จะช่วยให้เข้าใจสาระของวิทยานิพนธ์ดียิ่งขึ้น เนื้อหามักประกอบด้วยเอกสารข้อเท็จจริงต่างๆ ดังนี้ ข้อมูลเพิ่มเติมในส่วนเนื้อเรื่อง ข้อมูลเพิ่มเติมที่ได้จากการปฏิบัติการ เช่น การทดลอง การศึกษาเฉพาะกรณี สำเนาเอกสารหายาก คำอธิบายระเบียบวิธี กระบวนการและวิธีการรวบรวมข้อมูล แบบฟอร์ม แบบสำรวจ แบบสอบถาม ที่ใช้ในการรวบรวมข้อมูล โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในวิทยานิพนธ์ คำอธิบายเกี่ยวกับขั้นตอน หรือวิธีการ นามานุกรม (directory) ของบุคคลที่อ้างถึงในวิทยานิพนธ์
หน้าสุดท้ายของวิทยานิพนธ์ มักมีประวัติผู้เขียน (Curriculum vitae หรือ Vita) ซึ่งเป็นรายละเอียดเกี่ยวกับประวัติการศึกษาและการทำงานของผู้เขียน ประวัติผู้เขียนโดยทั่วไป ประกอบด้วย ชื่อ นามสกุล พร้อมคำนำหน้า ได้แก่ นาย นางสาว นาง ยศ บรรดาศักดิ์ ราชทินาม สมณศักดิ์ พร้อมทั้งวันเดือนปีและสถานที่เกิด วุฒิการศึกษาตั้งแต่ระดับปริญญาตรี หรือเทียบเท่าขึ้นไป สถานศึกษา และ พ.ศ. ที่สำเร็จการศึกษา รวมทั้งประสบการณ์ ผลงานทางวิชาการ รางวัล หรือทุนการศึกษาเฉพาะที่สำคัญ ตำแหน่งและสถานที่ทำงานของผู้เขียน
ปัจจุบันในการจัดการบรรณานุกรม สามารถใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ช่วยในการจัดการบรรณานุกรม หรือรายการที่นำมาอ้างอิงได้ ตัวอย่างเช่น โปรแกรม EndNote Procite ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการลงรายการอ้างอิงที่สมบูรณ์และถูกต้อง